Die Zusammenarbeit im Bereich Kultur und Bildung ist gut entwickelt: Zahlreiche Menschen aus dem Sudan haben in Deutschland studiert oder gearbeitet und halten in Khartum ein aktives Netzwerk von an Deutschland Interessierten aufrecht.
Das Goethe-Institut in Khartum stellt seit seiner Wiedereröffnung 2008 in der Programm- wie in der Spracharbeit eine zentrale Säule der kulturellen Beziehungen mit Sudan dar. Mit seinem kulturellen Programm und dem im Hause betriebenen Café dient es als Treffpunkt junger Menschen, die die benachbarten Universitätsinstitute besuchen. Sprachkurse des Goethe-Instituts erfreuen sich immer größerer Beliebtheit.
Der Deutsche Akademische Austauschdienst ist durch einen Lektor in Khartum vertreten. Er ist für die Vergabe von Stipendien für Studien- und Forschungsaufenthalte in Deutschland und für die Studienberatung zuständig.
Seit 1990 wird Deutsch als Fremdsprache an sudanesischen Universitäten angeboten. Derzeit sind knapp 100 Studierende Programm an der University of Khartum eingeschrieben. An sudanesischen Schulen besteht bisher kein Angebot zum Erlernen der deutschen Sprache.
Im Wissenschaftsbereich existiert eine Reihe von Kooperationsprogrammen sudanesischer und deutscher Bildungseinrichtungen mit Austausch von Studierenden, Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern. Dazu zählen die Zusammenarbeit der Ahfad-Frauenuniversität Omdurman mit der Humboldt-Universität Berlin und der TU Berlin sowie Kontakte zwischen der Gezira-Universität mit der Humboldt Universität sowie einer Reihe weiterer Universitäten.
Im Bereich des Kulturerhalts besteht eine enge Zusammenarbeit zwischen dem sudanesischen Antikendienst und verschiedenen deutschen archäologischen Einrichtungen. Mitarbeiter der Humboldt Universität Berlin, der Universität zu Köln, des Ägyptischen Museums in Berlin sowie des Deutschen Archäologischen Institutes führen regelmäßig Restaurierungs- und Konservierungsarbeiten an antiken Stätten in Naga, Mussawarrat es Sufra und Gala Abu Ahmed durch. Dort gefundene Exponate werden regelmäßig als Leihgaben nach Deutschland verbracht.